Systeem Biologie 2017: Theoretische Biologie

Theoretische Biologie

Voor het modeleren van biologische systemen (systeembiologie) gebruiken we meestal differentiaalvergelijkingen. In dit deel van de cursus leer je hoe je wiskundige modellen kunt lezen, interpreteren, analyseren en op een computer kunt simuleren. We behandelen wiskundige modellen uit een aantal verschillende biologische disciplines zodat je ziet dat de systeembiologie op veel terreinen gebruikt wordt. Aan het eind van de cursus komen ook nog een paar andere modelleringstechnieken aan bod waarmee je ruimtelijke modellen kunt maken (partiele differentiaal vergelijkinmgen en cellulaire automaten). Al met al geeft dit je een brede inleiding in de computationele levenswetenschappen.

Het onderdeel Theoretische Biologie begint op maandag 13 maart 2017 en bestaat uit een serie hoorcolleges van 2x45 minuten. Naast het hoorcollege word je verwacht de opgaven te maken die in het dictaat staan. Elk hoofdstuk begint met een "vraag 0" die controleert of je het hoofdstuk gelezen en begrepen hebt. De rest van de vragen is oefenstof die je op het werkcollege en als zelfstudie gaat maken (met uitzondering van de vragen die je kunt laten aftekenen voor het bonuspunt staan de antwoorden achter in het boek). Op het werkcollege kun je hulp vragen bij de opgaven waar je niet uit kwam. De theoretische biologie wordt om en om gegeven met het onderdeel wiskunde. Zo krijg je steeds precies die wiskunde aangeboden die je voor de theoretische biologie stof nodig hebt.

Tijdens de computerpractica gaan we werken in RStudio met een R-script voor het numeriek oplossen van modellen, het tekenen van isoclines en zoeken naar steady states. Het script (grind.R) en de modellen hiervoor kun je downloaden via de knop Modellen.

Onder de knop Tentamen kun je tips vinden over wat je in ieder geval voor het tentamen moet weten. Via die link kun je ook oude tentamens vinden om te oefenen.

Theoretical Biology & Bioinformatics / Last modified on 08 March 2017 / R.J.DeBoer@uu.nl